No obstante las disposiciones constitucionales señaladas, la primera ley que regula la gestión fiscalizadora de Honduras, está en el Decreto Legislativo Número 37 de fecha 13 de febrero de 1928 que contiene la Ley Orgánica del Tribunal de Cuentas, que en ese año comienza a funcionar. Tanto el Presidente del Tribunal de Cuentas como los Contadores de Glosa propietarios eran electos por el Congreso Nacional por un periodo de cuatro años, no pudiendo ser reelectos. El control fiscalizador del Tribunal de Cuentas se limitaba a una verificación numérica-legal de las operaciones.
La Constitución de 1936 señala en el Artículo 150 disposiciones similares a las constituciones anteriores en lo referente al Tribunal Superior de Cuentas y por primera vez, exige las calidades profesionales de abogado o perito mercantil para ser miembro del Tribunal Superior de Cuentas.
En el año de 1956, la Junta Militar de Gobierno, derogó el Decreto No. 37 de 13 de febrero de 1928 que contenía la Ley Orgánica del Tribunal de Cuentas y creó la Contraloría General de la República, emitiendo su Ley Orgánica mediante Decreto No. 28 del 31 de diciembre de 1956, la cual comenzó a regir el 1 de enero de 1957, en el cual nace el concepto de la fiscalización a posteriori del tesoro nacional.
La Contraloría General de la República se encargaba de verificar el manejo de los fondos o bienes públicos y glosar las cuentas de los funcionarios y examinar la contabilidad del Estado y las cuentas que sobre la gestión de la Hacienda Pública rinda el Poder Ejecutivo al Congreso Nacional.
La Constitución de la República de 1957, en el Artículo 286 establece que para la “fiscalización a posteriori de la Hacienda Pública habrá un organismo auxiliar del Poder Legislativo, denominado Contraloría General de la República , que se regirá por su Ley Orgánica y tendrá independencia funcional y administrativa, reflejando las mejores prácticas existentes a esa fecha.
En la Constitución de la República de 1965, Capítulo III, Fiscalización, Título VIII, Artículos 289 al 297, se regula el funcionamiento de la Contraloría General de la República en similares términos que la Constitución del año 1957.
Considerando que la Ley Orgánica vigente desde 1956 ya no estaba acorde con la realidad del país y buscando una mayor eficiencia y eficacia en el control a posteriori, mediante Decreto Legislativo No. 224- 93, de fecha 13 de diciembre de 1993 se aprueba una nueva Ley Orgánica de la Contraloría General de la República.
Con la nueva Ley se busca un control fiscal fundamentado en la eficiencia, la economía, la eficacia, la equidad y la valoración de los costos ambientales; el control fiscal es únicamente financiero y operativo.
El Decreto Legislativo No. 144 del 11 de marzo de 1954 emite la Ley de Probidad Administrativa, que fue una ley vigente pero que nunca se aplicó.
Mediante Decreto No. 301, de fecha 30 de diciembre de 1975, el Jefe de Estado Juan Alberto Melgar Castro, en Consejo de Ministros emite la Ley Contra el Enriquecimiento Ilícito de los Servidores Públicos y crea la Dirección de Probidad Administrativa, como una dependencia de la Contraloría General de la República. Esa Ley entró en vigencia el 1 de enero de 1976, derogando la Ley de Probidad Administrativa señalada.
En esa ley se legisla sobre el enriquecimiento ilícito, incluyendo la presunción del mismo y que la carga de la prueba le corresponde al servidor público.
En la Constitución de la República de 1982, se establecen dos órganos auxiliares del Congreso Nacional, uno: La Contraloría General de la República (Artículo 222) con similares funciones a las señaladas en las Constituciones de 1957 y 1965 y otro la Dirección de Probidad Administrativa (Artículo 232) y se incluye en el Artículo 233 la presunción del enriquecimiento ilícito.